Han pasado dos años desde que Sam y los Autobots salvaran a la raza humana. Ahora, Sam se prepara para el mayor desafío de su vida: salir de casa y marcharse a la universidad. Con la destrucción de la Allspark, Cybertron, el planeta donde vivían los Transformers, se ha vuelto inhabitable, y los Autobots sobreviven en la Tierra, trabajando conjuntamente con el ejército como parte de un equipo secreto llamado NEST, cuya finalidad es atrapar Decepticons. Los Decepticons se enteran pronto de algo que Sam ignora: sólo él tiene la clave del resultado de la lucha entre el bien y el mal.